Gigi bungsu sering menimbulkan masalah karena biasanya gigi ini tidak bisa muncul sempurna menempati tempatnya atau malah terpendam sama sekali. Gigi bungsu yang tidak muncul sempurna atau terpendam (impaksi) adalah gigi yang tidak bisa erupsi (keluar) menempati tempatnya dalam lengkung rahang yang diakibatkan  terhalang oleh jaringan lunak atau tulang yang keras, atau oleh gigi tetangganya pada saat waktunya gigi tersebut harus erupsi.

Gigi bungsu yang tidak muncul sempurna biasanya akan ditutupi sebagian oleh jaringan gusi (opekulum). Jaringan ini karena tidak bisa dibersihkan secara sempurna atau sering tergigit oleh gigi lawan akan sering mengalami  peradangan bahkan infeksi. Infeksi ini bisa hanya mengakibatkan peradangan setempat (operkulitis atau perikoronitis) atau bahkan bisa mengakibatkan perluasan infeksi ke jaringan yang lebih dalam dan melibatkan ruang jaringan lunak (spasium). Infeksi yang melibatkan ruang jaringan lunak yang dalam biasanya mempunyai gejala yang lebih berat seperti panas tinggi, pembengkakan di leher atau daerah wajah dan dalam mulut, sakit berat yang menyebar, lemas, sulit menelan,  bahkan sesak napas. Infeksi yang sangat berat memerlukan penanganan yang cepat dan tepat karena dapat mengancam jiwa penderita. 

Gigi bungsu yang tidak muncul sempurna dan posisinya miring sangat sulit dibersihkan sehingga di sela-sela antara gigi bungsu dan gigi geraham kedua akan menumpuk kotoran, baik berupa sisa makanan atau plak bahkan karang gigi. Keadaan ini akan mengakibatkan kondisi penyakit pada jaringan sekitarnya seperti keropos/bolong baik pada gigi bungsunya sendiri atau gigi tetangganya, radang gusi dan jaringan pendukung yang berat sehingga menyebabkan kegoyangan gigi sebelahnya, bau mulut yang tidak sedap, dan lain-lain. Gigi seperti ini pun dapat bertindak sebagai pusat/fokus infeksi bagi terjadinya penyakit lain yang letaknya jauh, seperti penyakit kulit, mata, atau sendi.

Di samping itu gigi bungsu yang posisinya miring atau terpendam sering dapat mengakibatkan gangguan neurologis berupa nyeri kepala yang tidak dapat dijelaskan penyebabnya dari kelainan lain. Dan yang tidak kalah penting, gigi bungsu yang terpendam, walaupun dalam prosentase yang tidak besar, mempunyai resiko untuk berkembang menjadi kista rahang atau bahkan tumor jinak yang agresif yang disebut ameloblastoma.

Oleh karena itu penting untuk diketahui bahwa  gigi bungsu yang tidak muncul sempurna, posisinya miring atau terpendam, sebaiknya diambil sebelum timbul keluhan atau sebelum terjadinya penyakit yang diakibatkan oleh gigi bungsu tersebut.